工程设计二所长期从事粮食仓储、粮食深加工及民用建筑工程咨询、设计，在粮食仓储类工程设计方面力量最强，在全国各个时期的粮仓建设中起关键的作用。
1.粮库建设方面
国家机械化骨干粮库建设18个库点，我院承担了广东、河南、上海等地10个库点的设计。世界银行贷款改善中国粮食流通建设中，我院承担了东北走廊辽宁世行、大连北良和长江走廊南通港、张家港等11个项目的设计工作。
在1998年500亿斤、2000年200亿斤和2001年200亿斤中央直属储备粮库建设中，国家共建设1110个国储库（仓容1047.76亿斤、投资377亿元），我院承担了177个库点的总体设计工作，是设计库点数最多的设计单位，同时为366个库点提供了标准图及配套服务,使用标准图仓容达283.88亿斤。
2.粮食加工方面
我院设计的面粉加工项目：鹏泰面粉有限公司、郑州面粉厂、洛阳面粉厂、西安面粉厂、海南省海发洋浦面粉厂、上海面粉厂等36项。
设计的大米加工项目：湖南常德米厂、辽宁辽化国储库米厂、安徽六安精米厂、索马里费诺力碾米厂等。
设计的油脂加工项目：郑州阳光油厂、北京南苑油厂、内蒙扎兰屯油厂等12项。
设计的饲料加工项目：周口配合饲料厂、河南驻马店饲料厂、海南琼海饲料厂、新疆奇台饲料厂、山东济宁饲料厂等12项。
3.民用建筑方面
我院在从事粮食工程设计的同时，也承担了许多民用建筑方面的设计。主要设计的项目有：郑州二七纪念塔、郑州金水饭店、郑州骨科医院、安徽地矿工人新村、河南经贸学校等34项。
4.物流园区批发市场设计
主要设计的物流园区批发市场项目有：商丘农产品中心批发市场、西安市胡家庙粮油交易市场、广东华南粮食交易市场等3项。